เมทิล 5,6-ไดเมทิลนิโคตีเนต ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการสร้างส่วนประกอบเภสัชภัณฑ์ที่ออกฤทธิ์ (APIs) ที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ

ในเคมียารักษาโรค มักใช้ในการออกแบบและสังเคราะห์โมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น สารต้านการอักเสบ ต้านไวรัส หรือต้านมะเร็ง แกนนิโคตีเนตของมันมีประโยชน์โดยเฉพาะในการปรับเปลี่ยนคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ของยาที่เป็นผู้สมัคร ซึ่งช่วยเพิ่มการดูดซึมหรือความเสถียร

นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตร เพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ โครงสร้างเคมีของมันช่วยให้สร้างอนุพันธ์ที่สามารถโต้ตอบกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะในศัตรูพืช ซึ่งให้แนวทางที่มุ่งเป้าในการปกป้องพืชผล

ในวิทยาศาสตร์วัสดุ เมทิล 5,6-ไดเมทิลนิโคตีเนต สามารถใช้ในการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูง เช่น เซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์หรือโพลิเมอร์การประสาน เนื่องจากความสามารถในการสร้างคอมเพล็กซ์ที่เสถียรกับไอออนโลหะ ทำให้เป็นผู้สมัครที่มีศักยภาพสำหรับการใช้งานในอิเล็กทรอนิกส์ การเร่งปฏิกิริยา หรือเทคโนโลยีเซ็นเซอร์