เมทิล 2-คลอโร-5-(ไตรฟลูออโรเมทิล)นิโคตีเนต ใช้เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์สารเคมีทางการเกษตรและเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลและสารย่อยคลอโร ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น ในด้านสารเคมีทางการเกษตร มักใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียร ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ความยืดหยุ่นในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติ เช่น ละลายน้ำได้ ชีวเภสัชจลนศาสตร์ และความเสถียรทางเมแทบอลิซึม