2-Methoxyisonicotinonitrile ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งพบได้บ่อยในยาที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาสารเคมีเกษตร สนับสนุนการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง กลุ่มไนไตรล์ของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้นผ่านการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติม