3-Amino-6-chloropyridine-2-carbonitrile ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาโรคเนื่องจากมีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีทำให้มีคุณค่าในการผลิตอนุพันธ์ที่มีศักยภาพในการรักษาหรือประโยชน์ทางการเกษตร