3-Chloro-2,5,6-trifluoropyridine เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตรขั้นสูง โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีอะตอมฟลูออรีนหลายตัวและสารย่อยคลอรีน ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าต่อการพัฒนาส่วนผสมออกฤทธิ์สำหรับยาและยาฆ่าแมลง ในอุตสาหกรรมยา มักใช้ในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรที่เพิ่มขึ้น โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ ในอุตสาหกรรมเกษตร ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งแกนไพรีดีนที่ถูกฮาโลเจนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นอกจากนี้ ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาสารเคมีพิเศษและโพลิเมอร์ที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือทางกายภาพเฉพาะ