3,5-ไดฟลูออโรไพรีดีน ถูกใช้อย่างแพร่หลายในฐานะบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีทางการเกษตรต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ ในเคมียารักษาโรค มันมักถูกนำเข้าไปในโมเลกุลที่ออกแบบสำหรับการค้นพบยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งและตัวปรับตัวรับ อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบที่ได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างยาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาท มะเร็ง และโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูง เช่น ผลึกเหลวและส่วนประกอบอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากคุณสมบัติการดึงอิเล็กตรอน ความหลากหลายของมันยังขยายไปสู่สาขาสารเคมีทางการเกษตร ที่ซึ่งถูกใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น