3-Chloro-2-methoxyisonicotinic acid ใช้หลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้สามารถใช้เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ในเคมีการแพทย์ มักนำมาใช้ในการสังเคราะห์ยาตัวสมัครที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ บทบาทในงานวิจัยสารเคมีเกษตรรวมถึงการสร้างยาฆ่าวัชพืชและยาฆ่าแมลงใหม่ๆ ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย ความหลากหลายของสารนี้ทำให้มีคุณค่าในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในการปรับปรุงการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อน