6-Chloronicotinimidamide hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท บทบาทของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในการพัฒนายากระตุ้นตัวรับอะเซทิลโคลีนแบบนิโคตินิก ซึ่งจำเป็นสำหรับการรักษาโรคเช่นโรคอัลไซเมอร์และโรคจิตเภท นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในเคมีเกษตรสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงที่ได้ผลดีต่อศัตรูพืชหลากหลายชนิด สนับสนุนการป้องกันพืชและเพิ่มผลผลิต ในสถานที่วิจัย มันช่วยในการศึกษากลไกทางชีวเคมีและปฏิสัมพันธ์ของตัวรับ ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ขับเคลื่อนการพัฒนายาใหม่