5-Fluoro-2-methoxypyridin-4-amine ใช้ในการวิจัยทางเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติทางรักษาพยาบยามากขึ้นในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ การประยุกต์ใช้นี้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ ซึ่งช่วยในการพัฒนาวัสดุอินทรียขั้นสูง