3-Bromo-4-(chloromethyl)-5-fluoropyridine ใช้หลัก ๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ต่าง ๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ โดยอาศัยแกนไพรีดีนที่มีฮาโลเจนเพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร