3-Bromo-2,6-dimethoxypyridine ใช้หลักๆ เป็นสารกลาง (intermediate) ที่หลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน อะตอมโบรมีนบนวง pyridine ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่า สำหรับปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงต่างๆ เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig couplings ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-ไนโตรเจน นอกจากนี้ กลุ่ม dimethoxy สามารถทำหน้าที่เป็น directing groups หรือให้ผลกระทบด้าน steric และ electronic ที่มีอิทธิพลต่อ reactivity และ selectivity ของสารนี้ สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัย agrochemical สำหรับการสังเคราะห์สารใหม่ที่มีศักยภาพในการเป็นยาฆ่าแมลง (pesticidal) หรือสารกำจัดวัชพืช (herbicidal) ความเสถียรและ reactivity ทำให้เป็น building block ที่มีประโยชน์ใน medicinal chemistry สำหรับการออกแบบยาที่มุ่งเป้าไปยัง biological pathways เฉพาะ