3,5-Dimethoxypyridine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม เนื่องจากโครงสร้างที่มีหมู่เมทอกซีสองหมู่ที่ตำแหน่ง 3 และ 5 ซึ่งทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ เช่น ยาและสารเคมีเกษตรกรรม นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีบทบาทสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีความซับซ้อน และยังเป็นตัวกลางในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ อีกด้วย