5-Chloro-2-(chloromethyl)pyridine ถูกใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยารักษาโรคต่างๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์ ต้านเชื้อรา หรือต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับสร้างสารป้องกันพืช เช่น สารกำจัดศัตรูพืชหรือสารกำจัดวัชพืช เพื่อเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร กลุ่ม chloromethyl ที่ทำปฏิกิริยาได้ทำให้เป็นโครงสร้างพื้นฐานที่มีคุณค่าในเคมีอินทรีย์สำหรับสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน