2-Amino-3,6-dibromopyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง สารนี้มีบทบาทในการพัฒนาเฮเตอร์โรไซเคิลที่ถูกโบรมีน ซึ่งจำเป็นต่อเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบยาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ อะตอมโบรมีนของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยอำนวยความสะดวกในการเกิดปฏิกิริยาครอสคัปปลิ้งเพื่อผลิตโมเลกุลที่ซับซ้อน