6-Bromo-3-chloro-2-fluoropyridine ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับยารักษาโรค เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง มันมีบทบาทสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนเนื่องจากตำแหน่งฮาโลเจนที่ทำปฏิกิริยาได้ ทำให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเพศได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยใช้คุณสมบัติโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะ ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ที่ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงและสารเคมีพิเศษ