5-Fluoro-6-methoxynicotinic acid เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ต่างๆ ในเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นโครงสร้างพื้นฐานในการพัฒนายาที่ขัดต่อโรคเฉพาะ โดยเฉพาะในการสร้างตัวยับยั้งหรือตัวปรับเปลี่ยนสำหรับเอนไซม์และตัวรับ คุณสมบัติโครงสร้างทำให้มีคุณค่าในการออกแบบสารประกอบที่มี bioavailability และประสิทธิภาพสูงขึ้น ในเกษตรเคมี ใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช สนับสนุนการสร้างโมเลกุลที่ควบคุมศัตรูพืชหรือวัชพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในขณะที่ลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม ความยืดหยุ่นในการเกิดปฏิกิริยาเคมีช่วยให้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างหลักเพื่อให้ได้กิจกรรมทางชีวภาพที่ต้องการ