3-Chloro-5-fluoropyridin-2-amine เป็นสารเคมีที่ใช้หลักเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มคลอโรและฟลูออโรมบนวงแหวนไพรีดีน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักใช้ในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับตัวรับหรือเอนไซม์เฉพาะ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โดยคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ในการควบคุมพืชที่ไม่ต้องการหรือศัตรูพืช ความหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ