2-Fluoro-5-methylnicotinonitrile ถูกใช้หลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างของมันที่มีอะตอมฟลูออรีนและหมู่ไซยาไนด์ทั้งคู่ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ มันมักถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคระบบประสาทส่วนกลาง มะเร็ง และโรคอักเสบ นอกจากนี้ ความตอบสนองของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนัไลเซชันเพิ่มเติมได้ ซึ่งช่วยให้สร้างห้องสมุดเคมีที่หลากหลายสำหรับการค้นพบและปรับปรุงยา นักวิจัยยังนำมาใช้ในเคมียารักษาเพื่อสำรวจความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) และปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผู้สมัครยา