เอทิล 6-ฟลูออโรนิโคตีเนตใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่าง ๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา โครงสร้างฟลูออรีนของมันมีคุณค่าในเคมียารักษา ซึ่งช่วยเพิ่มการดูดซึมทางชีวภาพและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมของโมเลกุลยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อออกแบบสารเคมีใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ ในด้านสารเคมีเกษตร มันช่วยในการเตรียมยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เพื่อปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค ความหลากหลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนานวัตกรรมทั้งเภสัชกรรมและเกษตรกรรม