2,4,6-Trifluoro-3,5-dichloropyridine ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีเกษตร มันเป็นส่วนสำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านเชื้อราและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารประกอบอินทรีย์ที่มีฟลูออรีน ซึ่งมีคุณสมบัติเฉพาะตัวที่ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย การใช้งานหลักจึงเน้นไปที่การเป็นสารกลางในการสังเคราะห์เคมีที่มีความแม่นยำสูง