เอ็น-เบนซิล-2,6-ไดคลอโรไอโซนิโคตินาไมด์ ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาที่มีศักยภาพ ลักษณะโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติทางเภสัชวิทยาเฉพาะ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการศึกษาการยับยั้งเอนไซม์และการจับกับตัวรับ ช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่ นักวิจัยยังใช้มันเพื่อสำรวจความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม ปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกสรรของโมเลกุลยา การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งมันมีส่วนในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยากรใหม่