6-Ethynylpyridin-3-amine ถูกใช้หลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มเอธินิลและกลุ่มเอมีน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อน มักถูกนำมาใช้ในปฏิกิริยาเคมีคลิก โดยเฉพาะการ cycloaddition แบบ azide-alkyne ที่มีตัวเร่งปฏิกิริยาทองแดง (CuAAC) เพื่อสร้างอนุพันธ์ไตรอาซอล ซึ่งมีความสำคัญในการค้นพบยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย รวมถึงตัวแทนบำบัดที่อาจใช้ในการรักษาโรคทางระบบประสาท มะเร็ง และโรคติดเชื้อ ความหลากหลายของสารนี้ยังขยายไปสู่การพัฒนาโพรบเรืองแสงและเซ็นเซอร์โมเลกุล ซึ่งช่วยในการศึกษาทางชีวเคมีและการวินิจฉัย