6-Bromo-3-chloro-2-methoxypyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้ของยาและสารกำจัดศัตรูพืช โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เนื่องจากมีหมู่โบรโมและคลอโรที่ทำปฏิกิริยาได้ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา สนับสนุนการป้องกันพืชและประสิทธิภาพทางการเกษตร หมู่เมทอกซี่ของมันช่วยเพิ่มประโยชน์ในการออกแบบโมเลกุลที่มีความละลายและความเสถียรที่ดีขึ้น