6-Chloro-3-fluoro-2-methoxypyridine ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมยา โดยสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปที่ความผิดปกติทางระบบประสาท รวมถึงยาที่ใช้ในการรักษาอาการซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช โดยคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยในการออกแบบสารประกอบที่ได้ผลดีต่อศัตรูพืชและวัชพืชหลากหลายประเภท บทบาทของมันในสาขาเหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญในการพัฒนาวิทยาศาสตร์ทางการแพทย์และการเกษตร