6-Amino-5-methoxynicotinonitrile ใช้หลักๆ ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด คุณสมบัติทางโครงสร้างทำให้เหมาะสำหรับการสร้างโมเลกุลที่มีผลทางรักษาศักยภาพ ช่วยในการค้นพบยาใหม่ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกซับซ้อน ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษา การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงงานวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชอุทิศชนิดใหม่