6-Amino-3-chloropicolinonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรต่างๆ โดยเฉพาะยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการพัฒนาสารประกอบที่ยับยั้งเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในวัชพืชและศัตรูพืช เพื่อการปกป้องพืชผลที่มีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรม โดยเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ รวมถึงยาที่มีศักยภาพในการรักษา ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีทำให้มีค่าสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบซับซ้อนที่มีคุณสมบัติเฉพาะ