6-bromo-3-fluoro-2-methoxypyridine ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง ทำให้มีคุณค่าในเคมียา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ การแทนที่ด้วยฮาโลเจนและเมทอกซี่ที่เป็นเอกลักษณ์ของสารประกอบนี้ช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้สามารถปรับเปลี่ยนได้อย่างแม่นยำในการสังเคราะห์อินทรีย์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาแสงอิเล็กทรอนิกส์และโพลิเมอร์นำไฟฟ้า