Ethyl 5-bromo-2-chloronicotinate ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี เป็นส่วนประกอบหลักสำหรับการพัฒนาสารออกฤทธิ์ต่างๆ รวมถึงยาและสารกำจัดศัตรูพืชที่มีศักยภาพ โครงสร้างของมันซึ่งมีหมู่โบรโมและคลอโรช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน นักวิจัยมักใช้ในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงเพื่อสร้างสารประกอบใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัด