5-Bromo-2-fluoroisonicotinic acid ใช้หลัก ๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาตัวสมัคร โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครซึ่งมีทั้งหมู่โบรโมและฟลูออโร ทำให้มีคุณค่าในการนำอะตอมฮาโลเจนเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อน ซึ่งสามารถเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพหรือความเสถียรทางเมแทบอลิซึม สารประกอบนี้มักถูกใช้ในการเตรียมสารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งจำเป็นในการออกแบบยาที่เล็งเป้าไปยังโรคเฉพาะเจาะจง รวมถึงมะเร็งและโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความปลอดภัยของตัวแทนบำบัดที่เป็นไปได้