5-Bromo-2-fluoro-3-iodopyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม โครงสร้างที่ถูกฮาโลเจนแทนที่ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพทางชีวภาพ มักใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Sonogashira couplings เพื่อสร้างห้องสมุดสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการค้นพบยา นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งความตอบสนองที่เป็นเอกลักษณ์สามารถนำมาใช้ในการออกแบบผลิตภัณฑ์เฉพาะทาง