5-Chloro-6-fluoropyridin-2-amine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคหรือภาวะเฉพาะ โครงสร้างของมันมีคุณค่าต่อการออกแบบสารประกอบที่มีผลทางรักษาที่มีศักยภาพ ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมี ใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช โดยโครงสร้างทางเคมีช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้ายในการควบคุมศัตรูพืชหรือวัชพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อพัฒนาสารเคมีใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่ต้องการ โดยเฉพาะในการผลิตยาต้านจุลชีพ ยาต้านไวรัส และยาใหม่สำหรับโรคติดเชื้อหรือมะเร็ง รวมถึงการศึกษาทางเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ที่ใหม่และมีประสิทธิภาพมากขึ้น