5-Chloro-3-fluoro-2-iodopyridine ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ โครงสร้างฮาโลเจนที่ไม่เหมือนใครทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยอาศัยปฏิกิริยาของมันในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปที่ศัตรูพืชหรือวัชพืชเฉพาะ ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ มันถูกนำไปใช้ในการเตรียมวัสดุอินทรียขั้นสูง รวมถึงผลึกเหลวและส่วนประกอบอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และเพิ่มประสิทธิภาพ บทบาทของมันในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling reactions) ยังทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์ สามารถสร้างโครงสร้างเคมีที่หลากหลายสำหรับการศึกษาและการประยุกต์ใช้ต่อไป