5-Amino-6-chloronicotinic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคหัวใจและหลอดเลือดเช่นเดียวกับความผิดปกติของการเผาผลาญ มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาอนุพันธ์กรดนิโคตินิก ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีผลทางบำบัด นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ซึ่งช่วยเพิ่มการป้องกันพืชผล คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนทั้งในอุตสาหกรรมและการศึกษา