เอทิล 5-อะมิโน-3-เมทอกซีพิโคลิเนต ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันที่มีทั้งหมู่ฟังก์ชันอะมิโนและเมทอกซีช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของตัวแทนบำบัด ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีกิจกรรมและความเลือกสรรที่ดีขึ้น บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการเตรียมโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม