5-ฟลูออโร-6-เมทิลนิโคตินิกแอซิด ใช้หลักๆ ในด้านการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคเมแทบอลิซึม คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่โต้ตอบกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะเจาะจง ช่วยในการสร้างตัวแทนบำบัดที่เป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษากลไกและเส้นทางเคมี สนับสนุนความก้าวหน้าในเคมีเภสัชภัณฑ์ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการวิจัยสารเคมีเกษตร ที่ซึ่งอาจรวมเข้าไปในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือวัชอุทิศชนิดใหม่