5-Fluoro-6-methylpicolinonitrile เป็นสารประกอบที่ถูกนำมาใช้เป็นหลักในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมีในฐานะสารกลางสำคัญ (key intermediate) ในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ในเภสัชกรรม มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบสารประกอบที่มีผลทางรักษาที่เป็นไปได้ เช่น สารต้านการอักเสบ ต้านจุลชีพ หรือต้านมะเร็ง ในเกษตรเคมี มันถูกใช้ในการผลิตยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย นอกจากนี้ ยังอาจถูกใช้ในสถานที่วิจัยสำหรับการพัฒนาเอนทิตีเคมีใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ