5-(Difluoromethoxy)pyridin-3-amine dihydrochloride เป็นสารประกอบที่นำมาใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ มีบทบาทสำคัญในงานวิจัยทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาใหม่ๆ โครงสร้างที่มีกลุ่ม difluoromethoxy มักถูกนำเข้าไปในสารประกอบเพื่อเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับสร้างยาฆ่าแมลงหรือวัชอุทิศใหม่ๆ โดยอาศัยคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและ selectivity การใช้งานส่วนใหญ่จำกัดในห้องปฏิบัติการ ที่ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนและมีหน้าที่มากขึ้น มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านการอักเสบ ยาต้านไวรัส หรือยาต้านมะเร็ง และในการศึกษากลไกการออกฤทธิ์ของยาและการปรับปรุงประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ทางยา