5-(Trifluoromethoxy)picolinonitrile ใช้หลักๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนผสมออกฤทธิ์ต่างๆ กลุ่มฟังก์ชัน trifluoromethoxy และไนไตรล์ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรที่เพิ่มขึ้น ในเภสัชกรรม มักใช้ในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาทและโรคเมแทบอลิซึม

ในเกษตรเคมี สารนี้ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพดีขึ้นและความปลอดภัยต่อสิ่งแวดล้อม โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถปรับแต่งได้อย่างแม่นยำ ทำให้ผลิตสารประกอบที่มีปฏิสัมพันธ์กับเป้าหมายเฉพาะเจาะจง