5,6-Difluoro-3-pyridinecarboxylic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางยา เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของยา นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีที่มีความซับซ้อนสูงในกระบวนการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ รวมถึงการประยุกต์ใช้ในเคมีเกษตรเพื่อพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น