4-Chloro-6-methylpyridin-3-amine ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่างๆ รวมถึงโรคระบบประสาทและการติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อสร้างยาฆ่าแมลงและวัชพืช สนับสนุนการปกป้องพืชและเพิ่มผลผลิต บทบาทในสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการเตรียมโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการใช้งานในวิทยาศาสตร์วัสดุ เช่น โพลิเมอร์และสีย้อม