4-Chloro-2-methylnicotinonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม ซึ่งมักนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกการเกิดสารใหม่ๆ ที่มีศักยภาพในการนำไปประยุกต์ใช้ในด้านอื่นๆ เช่น การเกษตรหรือวัสดุศาสตร์