4-(Chloromethyl)-2-methoxypyridine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตยารักษาโรคและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับสารอื่นๆ เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนายาใหม่ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพของสารประกอบที่ได้จากมัน