4,6-Dichloro-2-methylnicotinonitrile ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดศัตรูพืช โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับการควบคุมวัชพืชในพื้นที่เกษตรกรรม โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้ซึ่งยับยั้งเอนไซม์เฉพาะในพืช นำไปสู่การป้องกันพืชผลที่มีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น สารต้านการอักเสบหรือสารต้านจุลินทรีย์ ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาเคมีทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนในกระบวนการวิจัยและอุตสาหกรรม เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีส่วนประกอบของไนไตรล์และกลุ่มคลอรีน ทำให้มีศักยภาพในการเป็นสารกลางสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น