4,6-Difluoropyridin-3-amine ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรค มีบทบาทสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่กำหนดเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ยับยั้งเอนไซม์หรือปรับตัวรับ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงหรือวัชอุทิศใหม่ เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่ช่วยเพิ่มการจับกับโปรตีนเป้าหมายในศัตรูพืชหรือวัชพืช อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและ bioavailability ในผลิตภัณฑ์สุดท้าย ทำให้มีคุณค่าในเคมีศาสตร์ทางการแพทย์และเกษตร