3-Methoxy-6-methylpicolinonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) สำหรับรักษาโรคทางการแพทย์ต่างๆ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน มักใช้ในการสร้างยาที่มุ่งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเคมีเกษตร สนับสนุนการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ บทบาทของมันในการสังเคราะห์อินทรีย์มีความสำคัญสำหรับการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิก ซึ่งพบได้บ่อยในโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลายชนิด