เอทิล 3-โบรโมไอโซนิโคติเนต ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร เป็นส่วนประกอบสำคัญในการพัฒนาโมเลกุลงซับซ้อน มักใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก อะตอมโบรมีนทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายสำหรับปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck ซึ่งจำเป็นในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ไพรีดีน ซึ่งใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับการค้นพบและพัฒนายา กลุ่มเอสเตอร์ยังช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบสารประกอบเคมีใหม่