3-Bromo-2-methoxypyridin-4-amine ใช้หลัก ๆ ในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (intermediate) ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท รวมถึงการรักษาอาการชักและภาวะอื่น ๆ ของระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการปรุงสูตรยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมทางชีวภาพ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก กลุ่มโบรมีนและเมทอกซีทำให้มันเป็นสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติมในเคมียารักษา