เอทิล 3-อะมิโน-6-เมทิลพิโคลิเนต ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยเฉพาะในการสร้างยาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับผลิตสารเคมีเกษตร เช่น สารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา เนื่องจากความสามารถในการสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนาสำหรับออกแบบโมเลกุลใหม่ที่มีศักยภาพในการรักษาหรือการประยุกต์ใช้ทางการเกษตร