3-Amino-5-fluoropicolinaldehyde ถูกนำมาใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มอะมิโนและอะตอมฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่เล็งเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง มักใช้ในการสร้างตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับ โดยเฉพาะในสาขามะเร็งวิทยาและระบบประสาท นอกจากนี้ กลุ่มอัลดีไฮด์ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ สร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีศักยภาพในการรักษา สารนี้ยังถูกสำรวจในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โดยใช้คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรร