3-Pyridinemethanethiol ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลซับซ้อน โดยเฉพาะในเภสัชกรรมและสารเคมีเกษตร เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มีคุณสมบัติทางรักษา เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับ กลุ่มไทออลของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนทางเคมีได้หลากหลาย ทำให้มีคุณค่าในการค้นคว้าและพัฒนายา นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์ลิแกนด์สำหรับการเร่งปฏิกิริยา และในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการปรับแต่งพื้นผิวหรือโพลิเมอร์ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยทางชีเคมี เพื่อช่วยในการศึกษาการโต้ตอบและการปรับเปลี่ยนโปรตีน